Le théâtre est inauguré le 3 mai 1919 et nommé Théâtre de la Potinière. Il est construit sur les plans de l'architecte M. Bouteille et les croquis du décorateur Mélano de Cassina. 
Y sont inventés Les Goûters à la Parisienne en 1920 : deux heures de spectacle avec thé-concert de 16h à 18h. Le 10 juin 1940 le théâtre doit fermer ses portes à cause des évènements historiques pour rouvrir le 6 juillet. 
En 1993, Pierre Jacquemont prend la direction du théâtre qu'il nommera Pépinière Opéra pour illustrer la nouvelle orientation musicale qu'il souhaite lui donner. 
C'est en Janvier 2008 qu'Antoine Coutrot, Emmanuel de Dietrich et Caroline Verdu reprennent la direction du théâtre La Pépinière.